Atlético Junior

Bacca bắt đầu sự nghiệp của mình với Atlético Junior năm 2006, nơi anh không có nhiều cơ hội để chơi bóng. Trong khi chơi bóng, Bacca đã có một công việc thứ hai là một trợ lý lái xe buýt, để kiếm được nhiều tiền hơn khi xuất thân từ gia đình nghèo. Sau anh được cho mượn tại Barranquilla năm 2007, Bacca đã có 27 lần ra sân và ghi 12 bàn. Sau đó, anh gia nhập Minervén S.C. của Venezuela với điều khoản cho mượn trong một mùa giải. Bacca là cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất với 14 bàn trong 19 trận đấu.

Club Brugge

Vào đầu năm 2012, Bacca đã ký hợp đồng cho câu lạc bộ Club Brugge KV ở Bỉ, hợp đồng ba năm trị giá 1,5 triệu Euro cho các điều khoản lương và tiền thưởng của anh. Anh tuyên bố rằng việc gia nhập Club Brugge đã hoàn thành ước mơ chơi bóng ở châu Âu của anh.

Vào tháng 1 năm 2013, khi ghi được 18 bàn cho đội bóng, Bacca đã yêu cầu được ra đi. Một số câu lạc bộ khắp châu Âu thể hiện sự quan tâm đến Bacca. Tuy nhiên, trong một diễn biến bất ngờ hai tuần sau đó, Bacca đã ký một hợp đồng mới ràng buộc anh ở lại câu lạc bộ cho đến năm 2016.

Sevilla

Vào ngày 9 tháng 7 năm 2013, câu lạc bộ Tây Ban Nha, Sevilla F.C. đã ký kết hợp đồng với Bacca với giá 7 triệu Euro với bản hợp đồng 5 năm cùng điều khoản mua lại 30 triệu Euro. Anh ghi bàn thắng đầu tiên cho câu lạc bộ vào ngày 1 tháng 8 trong trận thắng 3-0 trên sân nhà trước Mladost Podgorica cho vòng loại thứ ba của UEFA Europa League mùa giải 2013-14. Vào trận chung kết ngày 14 tháng 5 cùng mùa giải, anh đã góp công lớn trong loạt đá luân lưu giúp Sevilla đánh bại Benfica để giành chức vô địch Europa League.

Ngày 30 tháng 9 năm 2014, Bacca đã ký gia hạn hợp đồng với Sevilla, anh sẽ ở lại câu lạc bộ cho đến năm 2018. Sau đó anh ghi được 7 bàn thắng tại châu Âu giýp câu lạc bộ giữ ngôi vương Europa League mùa giải 2014-15, bao gồm cả hai bàn trong trận chung kết với chiến thắng 3-2 trước Dnipro Dnipropetrovsk của Ukraina, do đó đủ điều kiện đưa đội bóng tham dự Champions League mùa tới.

AC Milan

Vào ngày 2 tháng 7 năm 2015, câu lạc bộ Serie A, AC Milan đã công bố việc ký kết hợp đồng với Bacca sau khi đã kích hoạt điều khoản mua lại của anh với giá 30 triệu Euro. Vào ngày 21 tháng 8 năm 2016, anh ghi hat-trick đầu tiên của mình cho Milan trước Torino trong chiến thắng 3-2 tại sân San Siro.